アラートメールを送る方法には、「ログ&レポート」から設定する方法1と、「セキュリティファブリック>オートメーション」から設定する方法2の2種類があります。

【方法1】「ログ&レポート>Eメールアラート設定」からの設定
「ログ&レポート」より「Eメールアラート設定」を選択します。

【方法2】イベントメッセージからアラートメールを設定する場合
①「セキュリティファブリック>オートメーション」から「+新規作成」をクリックします。
②「新規オートメーションステッチ」の画面で、適宜名前を入力し、トリガーの中から「イベントログ」を選択します。
イベントログのアイコン下に表示されるイベント項目の「 + 」をクリックします。
③画面右に「エントリを選択」が表示され、複数のイベントメッセージから項目を選択できます。

FortiGateを勉強する女性SE (はてな) 

どう使い分けるのですか?
大きな違いの一つとして、前者は、機器単体、後者は複数機器にまたがったアラート設定ができることがあります。
ですから、FortiGateが複数ある場合はセキュリティファブリックからの設定になります。

また、前者の「E-メールアラート」は、機器単体が安定稼働しているかを判断する管理(Disk超過や設定変更、HAステータス等)、セキュリティ(AV、IPSの検知)が主です。
そして、通知内容は決められており、特定のイベントを追加することはできません。できるのは、セベリティレベルの変更だけです。